Im Jahr 2029 jagt eine kybernetische weibliche Regierungsagentin, Major Motoko Kusanagi, zusammen mit der Bundespolizei den Puppet Master, einen mysteriösen und bedrohlichen Computervirus, der menschliche Wirte infizieren kann. Gemeinsam mit ihren Kollegen von der Sektion 9 starten sie durch zu einem Hightech-Rennen gegen die Zeit, um dieses allgegenäwrtige Wesen zu fangen. Der erste Anime für Erwachsene, den man ohne Übertreibung als literarisches und visuelles Glanzstück bezeichnen kann!