Durch die am 1. April 1873 in Kraft getretene königlich preußische Verordnung wurde das Amtsgericht Wilhelmshaven am 23. März 1873 gegründet. Zunächst erstreckte sich der Zuständigkeitsbereich des Gerichts nur auf den kleinen preußischen Teil des heutigen Stadtgebiets von Wilhelmshaven. Für die umliegenden Ortschaften waren weiterhin die Justizbehörden des Grossherzogtums Oldenburg zuständig.

Obwohl rein städtebaulich alsbald eine Vereinigung der zwischenzeitlich zur Stadt Rüstringen zusammengeführten Gemeinden Bant, Heppens und Neuende mit der Stadt Wilhelmshaven stattfand, existierten beide Amtsgerichte selbständig, bis es durch das Gross-Hamburg-Gesetz vom 26. Januar 1937 zur Herauslösung der Stadt Wilhelmshaven aus dem preußischen Staatsverband kam. Aus den Städten Rüstringen und Wilhelmshaven wurde die zum Freistaat Oldenburg gehörende Stadt Wilhelmshaven gebildet, beide Amtsgerichte wurden zum nunmehr oldenburgischen Amtsgericht Wilhelmshaven zusammengeführt.

Derzeit hat das Amtsgericht Wilhelmshaven 11 Richterstellen.